6月3日，新华社报道，中山大学朱熹平教授和旅美数学家、清华大学兼职教授曹怀东破解了国际数学界关注上百年的重大难题——庞加莱猜想。

　　6月4日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛发唁电，对空军运输机遇难全体人员表示深切的哀悼，并向遇难人员亲属表示亲切的慰问。据空军提供的消息，6月3日下午在安徽某地失事坠毁的军用运输机上的40名人员不幸全部遇难。

　　6月5日～8日，中国科学院第十三次院士大会、中国工程院第八次院士大会在京举行。

　　6月5日，国务院新闻办公室发表《中国的环境保护（1996-2005）》白皮书。

　　6月8日，新华社受权播发了国务院残疾人工作委员会制定的《中国残疾人事业"十一五”发展纲要（2006年-2010年）》。

　　6月7日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，讨论并原则通过了《中华人民共和国反垄断法（草案）》。

　　6月8日，泉州-金门客运直航正式开通，成为继5年前厦门 -金门、马尾-马祖两条航线启动之后的第三条客运航线。

　　6月10日，我国迎来第一个“文化遗产日”。首个“文化遗产日”的主题为“保护文化遗产，守护精神家园”。

　　6月11日，新华社受权发布了《中共中央办公厅、国务院办公厅印发〈关于进一步加强高技能人才工作的意见〉》。
6月11日，新华社报道，北京 市副市长刘志华因生活腐化堕落被免去职务。

　　6月14日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，分析当前经济形势，研究部署近期经济工作。

　　6月14日，海峡两岸航空运输交流委员会发布新闻，两岸客运包机从即日起在春节包机的基础上，增开清明、端午、中秋包机。

　　6月15日，上海 合作组织成员国元首理事会第六次会议在上海举行。

　　6月16日，新华社报道，经国务院批准，中国人民银行决定从2006年7月5日起，上调存款类金融机构人民币存款准备金率0.5个百分点。

　　6月17日～24日，温家宝总理对埃及、加纳、刚果（布）、安哥拉、南非、坦桑尼亚和乌干达7国进行了正式访问。

　　6月24日，中央军委隆重举行晋升上将军衔仪式。（详见本期“军事”栏目）

　　6月24日～29日，十届全国人大常委会第二十二次会议在京举行。会议表决通过了刑法修正案（六）和修订后的义务教育法。

　　6月26日，新华社受权全文播发了《国务院关于保险业改革发展的若干意见》。

　　6月29日，全国人大常委会发布公告，原海军副司令员王守业的全国人大代表资格被依法终止。此前，他因涉嫌经济犯罪，已被免去海军副司令员职务。

　　6月30日，庆祝中国共产党成立85周年暨总结保持共产党员先进性教育活动大会在中南海怀仁堂礼堂隆重举行。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛在大会上发表重要讲话。

　　6月30日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，部署深化农村税费改革和推进农村综合改革工作。

　　6月30日，国家发展和改革委员会决定，自6月30日起，将全国销售电价平均每千瓦时提高2.5分。